В состав Группы НМТП входят два крупнейших по грузообороту порта России: Новороссийск на Чёрном море и Приморск на Балтийском море, что обеспечивает ей лидирующие позиции на российском рынке стивидорных услуг.

Порт Новороссийск является крупнейшим портом Азово-Черноморского бассейна (АЧБ) и России. 

В 2018 году грузооборот порта Новороссийск составил 93,8 млн. тонн (без учёта объёмов КТК), в том числе Группа НМТП 85,1 млн. тонн. На долю компаний Группы НМТП приходится 31,2% от грузооборота всех портов Азово-Черноморского бассейна (по данным АСОП).

Порт Приморск является шестым по грузообороту портом России (53,5 млн. тонн в 2018 году) и занимает третье место среди портов Балтийского бассейна. Входящая в Группу НМТП компания ООО «ПТП» переваливает 100% грузов в порту Приморск (по данным АСОП).

Вторым портом Группы на Балтике является контейнерный терминал ООО «Балтийская стивидорная компания» в порту Балтийск Калининградской области, который в 2018 году обработал 70% всего контейнерооборота Калининградской области, что составило 194 тыс. TEU (1,3 млн. т).